La chiesa è dotata di una cripta, luogo suggestivo di memorie, nel quale si conserva il comune nationis senensium sepulcrum : ogni anno, nel giorno dedicato al ricordo dei defunti dell'Arciconfraternita, per lunga consuetudine, vi si celebra una particolare funzione. La "indicazione ufficiale delle lapidi dei senesi sepolti" - che riporta anche i nomi di defunti che hanno trovato sepoltura nella chiesa - ricorda tra gli altri Giacomo Pini, Giovanni Berti, scultore, Pietro Paolo Bianciardi, Cesare Caffarelli, Cesare Garinei, GianGiuliano Rubini, Imperiale Gramatica e Artemisia Camoya, genitori di Antiveduta Gramatica, valente pittore senese. Alcune lapidi sono commemorative e onorarie, come quella del medico senese Lorenzo De Rossi, ricordato per i suoi generosi lasciti.